Sant’Anna da Vargem surgiu da fé e da coragem dos primeiros desbravadores de suas matas que, por volta de 1862, abriram caminho, escolheram o melhor local e edificaram uma capela dedicada à Sant’Anna, que consagraram padroeira do lugar. Em volta da capela construíram suas casas e começaram a cultivar.

O povoado cresceu muito em 11 anos e foi elevado a distrito, subordinado a Três Pontas, já com o nome de Sant’Anna da Vargem. Já no ano de 1958, os vargenses pensavam na autonomia municipal. Sant’Anna da Vargem possuía condições de desligar-se de Três Pontas.

Diversos foram os nomes atribuídos: Vargem Grande; Itaquicê; Mombuca; mas só ficaram nos decretos e leis. Ninguém tomou conhecimento e a partir de sua emancipação política criada pela Lei 2.764 – de 20 de dezembro de 1962, desmembrado do município de Três Pontas, ficou decidido o nome de Santana da Vargem.